مقاله جنبه های تکنیکی پروتئومیک کارکردی در گیاهان
از زمان تکمیل توالی های ژنومی ارگانیسم های متعدد ، تجزیه و تحلیل پروتئوم توجهات را به تعیین کارکرد و شبکۀ کارکردی پروتئین ها معطوف کرده است.این تجزیه و تحلیل با جدا سازی و شناسایی پروتئین ها،تعیین کارکرد و نقش آنها و شبکۀ کارکردی و ساخت یک پایگاه داده ایی مناسب حاصل می شود.پیشرفت های بسیاری در زمینۀ جداسازی و شناسایی پروتئین ها مانند الکتروفروز دو بعدی ،کروماتوگرافی نانو مایع و طیف سنجی جرمی به سرعت حاصل شده اند.
برخی تکنولوژی های جدید مانند طیف سنجی جرمی بالا- پایین و خاص سازی میل ترکیبی پشت سر هم(tandem affinity purification) بوجود آمده است. این روش ها امکان تجزیه و حلیل توان عملیاتی زیاد کارکرد و شبکۀ کارکردیپروتئین ها در گیاهان را فراهم می کند. اما برای رسیدگی به اطلاعات زیاد حاصل از این تجزیه و تحلیل های پروتئوم ، روش ها و نرم افزارهای پیچیده تری لازم است.
پیشرفت و انطباق این تکنیک ها ، تجزیه و تحلیل برش عمودی پروتئین ، شناسایی تغییرات بعد از ترجمه و فعل و انفعال پروتئین- پروتئین را آسان می کند که برای روشن سازی وظایف پروتئین حیاتی است. آنالیز توالی DNAژنومی که در دهۀ 1990 در مقیاس کامل آغاز شددر طی دهۀ گذشته پیشرفت سریع داشته است. کل توالی DNAژنومی در حال حاضر برای بسیاری از ارگانیسم ها مانند گیاهان عالی ، حیوانات و انسان وجود می باشد.
بر اساس این آنالیز، تعداد ژن های موجود در ژنوم برآورد شده است. برای نمونه، تصور می شود که حدود 32000 ژن رمزگذار پروتئین ها در ژنوم انسان وجود دارد کهکه نشان دهندۀ آن است که پروتئوم انسان حداقل 32000 پروتئین دارد. فقط نقش 50%پروتئنی ها با بازیابی پایگاه داده های موجود تعیین شده است.موقعیت های مشابه نیز در سایر ارگانیسم ها وجود دارد که نشانگر لزوم تعیین کارکرد پروتئین های ناشناخته و شبکۀ کارکردی آنها از طریق آنالیز پروتئوم می باشد.
اخیرا توجه زیادی به آنالیز transcriptome معطوف شده است که آنالیز جامع در سطح رونوشتی ژن ها محسوب می شود. با وجود اینکه می توان بیان ژن را در سطح رونوشتی تجزیه و آنالیز کرد اما بیان پروتئین از بیان ژن به دلیل همبستگی نسبتا کم (ضریب همبستگی حدود 0.5) در کمیت بین mRNA و پروتئین همیشه قابل تجزیه و آنالیز نیست( اندرسون و سیل هامر 1997).
علاوه بر این، توالی DNA و بیان mRNA اطلاعاتی دربارۀ تغییر بعد از ترجمه ایی پروتئین، ساختار و فعل و انفعال پروتئین- پروتئین در اختیار ما قرار نمی دهد. تقریبا تمام پروتئین ها بعد از ترجمه تغییر و اصلاح می شوند و سپس ساختار خاصی را تشکیل می دهند و از طریق فعل و انفعال پروتئین- پروتئین (لیگاند) عمل می کنند. بنابراین تجزیه و آنالیز خود پروتئین حائز اهمیت است.
با وجود ایتکه تخقیقات پروتئومی بعد از پایان آنالیز توالی ژنوم آغاز شد اما پیشرفت های چند سال گذشته قابل توجه بوده است و رشتۀ جدیدی از علم به نام پروتئومی معرفی شد.در آنالیز پروتئوم، تعداد زیادی از پروتئین ها و نه تعداد کمی توسط روش های با توان کار بالا مانند الکتروفروز دو بعدی (2-DE) و طیف سنجی جرمی (MS) آنالیز شدند
نقد و بررسی‌ها
هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.