مقاله تجزیه و تحلیل ژنوتیپ چند ریختی نوکلئوتیدی

با تاکیدات افزایش یافته روی ژنوتیپ چندریختی های نوکلئوتید منفرد (SNP) در مطالعات مرتبط بیماری، پلت فرم ژنوتیپی انتخاب به طور مداوم در حال تحول است.  به علاوه،  توسعه ارزیابی های  snp مشخص­تر و برنامه های اعتبارسنجی ژنوتیپ مناسب  برای روشن کردن  ژنوتیپ های  مبهم به طور فزاینده درحال بحرانی شدن است.

در این مطالعه ما از  پروب های پیوند زنی  اسید نوکلئیک قفل شده مخصوص snp  روی یک پلت فرم PCR زمان واقعی برای ژنوتیپ یک گروه انجمنی و بررسی های سه معیار برای  تشخیص ژنوتیپ های مبهم  استفاده کردیم. مبتنی بر ویژگی های جنبشی تقویت PCR، سه معیار کارایی تقویت PCR، تفاوت فلورسنت خالص بین حداکثر و حداقل سیگنال های فلورسنت و شروع فاز رشد نمایی واکنش را نشان می­دهد.

در ابتدا منحنی های تمایز آللی SNP مشاهده شده توسط دنباله DNA ( n=50) تایید شده و برنامه کاربردی سه معیار ژنوتیپی ما  هر دو توالی و نتایج مشاهده شده زمان واقعی PCR را اثبات می­کند. به علاوه، گروه انجمنی سفید پوست تست شده در توازن هاردی – واینبرگ بود و بسامدهای آلل خیلی مشابه با دو گروه انجمنی سفید پوست تست شده به طور مستقل برای همان SNP تست شده بودند. ما در اینجا یک رویکرد جدید را  برای تعیین ژنوتیپ مبهم تولید شده به طور موثر از یک پلت فرم زمان واقعی PCR ارائه می دهیم. برنامه کاربردی سه معیار جدید ما یک سهولت برای استفاده پروتکل تایید ژنوتیپ نیمه خودکار شده ارائه می­دهد.

با افزایش تعداد پلی مورفیسم­های تک نوکلئوتیدی قابل دسترس عمومی در تعداد زیادی پایگاه داده­های قابل دسترس عمومی،  وظیفه انجام مطالعات مرتبط گسترده ژنوم عملی­تر شده است. بنابراین تصادفی نیست که افزایش تناظری در توسعه روش ها برای انجام توان بالای ژنوتیپ برای بررسی ارتباط بیماری با استفاده از  تعداد گسترده ای  از SNP های قابل دسترس (1،2) وجود داشته باشد.

ژل سنتی مبتنی بر متدولوژی های ژنوتیپی، اگر چه هنوز موثر است، حالا به نظر می رسد برای نوع snp مقیاس کوچکتر سودمندتر است، با تکنولوژی­های ژنوتیپی مبتنی بر غیر ژل به عنوان پلت فرم انتخابی برای تلاش های ژنوتیپی SNP مقیاس بزرگتر در حال تکامل است. تشخیص جانشین­های تک پایه با استفاده از یک وابستگی بالای شباهت DNA  شناخته شده به عنوان اسید نوکلئوتید قفل شده برای استفاده در سنجش­های تمایز آللی توسط متدهای مختلف به دست می­آید.

ژنوتیپ snp با استفاده از شیمی LNA قبلا در ارزیابی های ELISA برای گرفتن پروب های LNA پیوندزن با آمپلیکون های PCR داخل صفحات میکروتیتر استفاده می شد  (6-8). به علاوه ژنوتیپ SNP با ترکیب تضاد فلورسنس و الیگونوکلئوتیدها (9) به دست می­آید، در حالی که توسعه تکنولوژی میکروچیپ منجر به استفاده از روش های microarray LNA در ژنوتیپ SNA شده است(10،11).

به علاوه PCR زمان واقعی به عنوان یک پلت فرم برای انجام ژنوتیپ SNP با استفاده از دو تایی LNA/DNA مورد بررسی قرار گرفته است. latorra  و همکاران (12) یک ارزیابی PCR آللی-مخصوص ( AS-PcR) با جایگزینی 3َ آخر پرایمر خاص آللی را با یک پایه LNA منفرد، مخصوص برای تشخیص   SNP اصلاح کرده است.  رنگ سبز SYBR برای آشکارسازی فلورسنس که متعاقبا آمپلیکون های DNA ژنوم را با استفاده از تجزیه گداز حرارتی تشخیص می­دهد، و اعتبار سنجی ژنوم PCR زمان واقعی سایز آمپلیکون DNA توسط الکتروفورزهای ژل انجام می شود(12).

ارزیابی بهره­وری های زمان واقعی واکنش PCR  real timeانجام نشده بود. مطالعه حاضر شامل یک پلت فرم  زمان واقعی PCR، پرایمرهای آمپلیکون PCR استفاده شده در ارتباط با پروب های LNA مشخص و پوشای SNP مورد علاقه است. به علاوه، اعتبار ریاضی بازده های PCR و از این رو، ژنوتیپ های مشاهده شده انجام شده است. همانطور که PCR زمان واقعی توانایی برای تعیین سطوح RNA  در مطالعات بیان ژن در مقابل تکرارهای cDNA  را بهبود داده است، تعییین بازدهی PCR به طور فزاینده یک مسئله مهم برای رسیدن به دقت و قابلیت اطمینان شده است.

مصلحت در تعیین بازده PCR در درجه اول به سوی تجزیه و تحلیل سطوح بیان mRNA با تعیین کیفیت رونوشت های کمیاب و تغییرات کوچک در بیان ژن جهت دهی شده است (13-15). علاوه بر این، به کار گیری  آزمون جنبش شناسی تقویت یک مدل بهترین برازش داده فلورسنت خام، برای ارزیابی کارایی PCR استفاده  شده است (16-19 ). تعیین واکنش جنبش شناسی تقویت که کارایی هر نمونه منفرد را به طور مستقل محاسبه و تایید می کند. کارایی نمونه مستقل PCR یک ملاحظه مهم برای ژنوتیپ SNP است به علت اینکه کارایی های متغیر مبتنی بر الگوهای DNA منفرد است.

تجزیه و تحلیل ژنوتیپ چند ریختی نوکلئوتیدی

نقد و بررسی‌ها

هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.

اولین کسی باشید که دیدگاهی می نویسد “مقاله تجزیه و تحلیل ژنوتیپ چند ریختی نوکلئوتیدی”

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *